JPが当たった後に、MAX値の2500枚になるのですが正常ですか?

2500枚までがJPの上限となるため、それ以上に積算したプログレッシブ値があれば次回以降へ持ち越す仕様です。
また、BACKUP DATA CLEARでクリア操作を行ってもJP値はクリアされません。